Si las condiciones ambientales en el acuario son buenas, las enfermedades en los invertebrados son muy poco frecuentes. Sin embargo, se deberían seguir algunas reglas.

• Si la temperatura del agua supera los 30 °C se verá afectada la síntesis de cal de las madréporas. Además, mueren las algas simbióticas que viven en los tejidos del coral (zooxanthella), y con ello también los corales.

• Los crustáceos mudan frecuentemente de caparazón. Para construir un caparazón nuevo, el agua tiene que contener de 400 a 450 mg/l de calcio; la dureza de carbonatos tiene que ascender a 8 – 10° dkH.

Las enfermedades parasitarias producidas por microorganismos (bacterias, organismos unicelulares) aparecen prácticamente sólo en el caso de haber existido una herida previa producida por sustancias químicas (por ejemplo, ozono, agua oxigenada, fosfatos, etc.), y no se observan prácticamente nunca en acuarios bien cuidados. No es posible luchar contra los parásitos mencionados con preparados curativos, dado que éstos naturalmente no pueden discernir entre los invertebrados “deseados” y “no deseados”.

Algunos tipos de gambas agresivas, como por ejemplo los camarones (diversas especies de Saron), pueden literalmente despedazar a las anémonas de mar. Estos animales con actividad nocturna se aspiran con un tubo, o se eliminan con una pinza.