La más importante función del fondo del acuario consiste en ofrecer espacios adecuados para establecer sus colonias a las bacterias que requieren oxígeno (aerobias) en las capas superiores, y en las capas inferiores para las que viven sin oxígeno (anaerobias).

Sin embargo, para algunas especies de peces (como por ejemplo los perciformes y los gobios) es imprescindible una zona con un fondo arenoso, ya que se cubren de arena fina para su descanso nocturno. Para estos animales se instala en el fondo una zona separada con arena de coral o de cuarzo. Infórmese con su vendedor especializado sobre el grosor adecuado para la capa de esta zona.

El resto de la superficie del suelo se recubre con una capa de arena de coral de unos 3 cm de grueso. Se recomienda separar con piedras los diferentes tipos de suelos, para que no se mezclen. El material más adecuado para el fondo del acuario de agua salada es la arena de coral con granos gruesos. Es decorativa, y por su contenido de cal contribuye a estabilizar el valor del pH.